A origem de Peruíbe está vinculada à história de São Vicente e, em especial, à trajetória dos jesuítas pelo litoral do Estado de São Paulo. No século XVI, uma missão jesuítica estabeleceu-se no local que recebeu o nome de Aldeamento de São João Batista, ou São João da Aldeia, cujo objetivo oficial, além de converter e pacificar os índios Carijós e Tamoios, era o de servir como pouso a viajantes. Situava-se em uma região estratégica na defesa contra investidas de corsários.

Além de inúmeras belezas naturais, espalhadas por suas diversas praias, rios e montanhas, o município ainda concentra sítios arqueológicos, como sambaquis, e as ruínas de uma igreja jesuíta do século XVI, as Ruinas do Abarebebê. Na zona rural, apesar de pouco visitada por turistas, também encontram-se rios e cachoeiras e inclusive uma aldeia indígena.